Anggota Komisi X DPR RI Fraksi Partai Golkar, Muhammad Nur Purnamasidi, mengkritisi masalah mendasar dalam pengelolaan Perguruan Tinggi Kementerian/Lembaga (PTKL) yang tersebar di 24 kementerian dan lembaga dengan total 124 perguruan tinggi dan 892 program studi. Menurutnya, keberadaan PTKL tidak selaras dengan amanat Undang-Undang Sistem Pendidikan Nasional (UU Sisdiknas) dan UU Pendidikan Tinggi. Standar dalam penyelenggaraan pendidikan antara PTKL dan perguruan tinggi negeri/swasta (PTN/PTS) tidak konsisten dari segi anggaran, sumber daya manusia, kurikulum, dan kualitas pendidikan. Banyak program studi di PTKL yang tumpang tindih dengan PTN dan PTS, dan tidak sesuai dengan mandat kementerian/lembaga yang menaunginya.
Purnamasidi juga mengungkapkan temuan Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) terkait inefisiensi anggaran dalam pelaksanaan pendidikan di PTKL. Anggaran PTKL yang besar dibandingkan dengan perguruan tinggi di bawah Kemendiktisaintek menjadi beban anggaran negara. Total mahasiswa di PTKL jauh lebih kecil dibandingkan dengan PTN dan PTS. Masalah tata kelola PTKL yang lemah juga menjadi perhatian, termasuk ketidaksesuaian standar nasional dan kerangka kualifikasi pendidikan tinggi Indonesia. Fraksi Partai Golkar mendorong evaluasi menyeluruh terhadap PTKL dan perbaikan peranannya agar fokus pada pendidikan kedinasan. Revisi UU Sisdiknas juga diharapkan untuk menyederhanakan sistem PTKL di bawah satu kementerian pendidikan, untuk memastikan efektivitas, efisiensi, dan kualitas pendidikan nasional. Penyederhanaan sistem PTKL dinilai penting untuk menghindari pemborosan anggaran dan kebijakan yang tumpang tindih.